Az első írásos emlékek a XIV. századból 1332-ből származnak. Ekkor Sanctus Petrus (Zenthpeter) néven emlegetik a községet abból az alkalomból, hogy plébániát avattak, s a templomot Szent Péterről nevezték el.
A krónika szerint még az 1200-as években is lakott volt e vidék, de csak egypár ház volt a Harsányi kút táján. Ezeket viszont nagyon sok elemi csapás érte, ezért később a jelenlegi falu helyén kezdtek építkezni. A régi házakat földbe vert cölöpök köré vesszőből fonták, s kívül-belül sárral betapasztották. Később döngölt agyagból vagy vályogból építették és szalmával, náddal vagy zsindellyel fedték be. A házak egyszintesek voltak,s többnyire egy szobából, egy konyhából (pitvarból) és egy kamrából álltak.
Szentpéter, keletkezésétől kedzve, a komáromi vár uradalmához tartozott. Egyre népesebb falu lett, de a törökdúlás idején annyira elpusztították, hogy majdnem megsemmisült. Az 1576. évi összeíráskor mindössze kilenc házat találtak benne. Előtte Zrínyi Miklósnak, a költő hadvezérnek is volt itt udvarháza. A török hódoltság után a királyi kincstár új telepesekkel népesítette be. A XVII. Században több más Komárom megyei faluval együtt gróf Zichy István és örökösei birtokába került „örök és visszavehetetlen” joggal, amit 1659-ben adománylevéllel is megerősítettek.
1763-ban erős földrengés ejtette rémülete a falu lakosait. A földmozgásnak számos ház esett áldozatul. A katolikus templomnak – melyet 1730-ban építettek - a mennyezete leszakadt, s falai is megrongálódtak. Gróf Zichy Miklós vállalta a templom gondnokságát, rendbe hozatta, s a jelenleg is látható díszes ablakokat is ő csináltatta. A család nagy kastélyt építtetett a faluban, amely zavaros, háborús időkben vármegyeházként is szolgált, ugyanis itt tartották a megyegyűléseket. Az 1848-49-es szabadságharc idején gróf Zichy Károly földbirtokos volt a tulajdonos. A nagysallói csata után Klapka György és Damjanich János kórháznak használták.
A szabadságharcra vonatkozó, falut érintő 1849-es események: Március 30-án este Szentpéter környékén a Veigl-dandár nagy tábortüzet gyújt, hogy láthatókká váljanak a városból.
Klapka vezetésével július 30-én támadásba indul a védősereg. Három oszlopban támadtak. Rakovszky ezredes… átkelt a Zsitván, az osztrák egységez onnan elűzte, aztán Szentpéterig nyomult, ahol eggyesült Kosztlányi dandárjával… A támadás sikerrel járt, Pott tábornok csapatait minden állásból kiverték.
A dráma utolsó felvonása: szeptember 5-től egymást érték az összecsapások. Klapka három század Lehel-huszárral támadta meg az előrenyomuló kozák egységet. Hetény és Szentpéter közelében került sor az összecsapásra, ahol Klapka katonái 12 kozák foglyot ejtettek.
A Szentpéter és Hetény közötti erdő szélén található az ún. „Muszkakő”, amely a szabadságharc leverésében szégyenletes szerepet játszó orosz csapatok táborhelyet jelöli. Itt várták ki az oroszok a komáromi vár feladásáról szóló tárgyalásoknak – amelyet Klapka György és az osztrákok között folytak – a kimenetelét.
A XIX. század második felében Zichy Gábor (Károly gróf fia) lett a kastély ura, akinek öt gyermeke volt, köztük Miklós az elsőszülött fiú, aki 1914-ben az I. világháború kitörése után a nagy adósságok miatt eladta a birtokot. Ezután beállt katonának, és részt vett a harcokban. Felesége (Fábry grófnő) pedig a katonakórházakban volt ápolónő. Mindketten életüket vesztették az egész falu gyászolt, amikor Szentpéteren a családi kriptában örök nyugalomra helyezték őket, ahol a hatévesen elhunyt kisfiuk is örök álmát alussza.
A birtokot a kisvárdai bank vette meg és parcellázta fel. A kastélyt a gróf lánya, Margit és férje, Vásárhelyi Árpád foglalta el. Kislányuk születésekor egy platánfát ültettek a kastély parkjába. Ma államilag védett ez fa. A család a II. világháború végéig élt itt, itt is volt eltemetve, de lányuk, aki Magyarországon él, elvitte.
A falukból a II. világháború során sokan életüket vesztették, az utókor nekik örök tisztelettel a temető előtti emlékművel, melyen a hősi halált halt katonák nevei olvashatók.
Szentpéter az 1920-ban Franciaországban megkötött trianoni békeszerződésig Magyarországhoz tartozott, ezt követően a Felvidéknek nevezett északi országrésszel együtt Csehszlovákiához került. Az 1938-ban Bécsben megkötött nagyhatalmi egyezmény értelmében Dél-Szlovákiával együtt visszacsatolták Magyarországhoz. A második világháborút lezáró párizsi békeszerződés alapján ez a vidék ismét a Csehszlovák Köztársaság része lett.
A történelmi és politikai változásoknak megfelelően a község neve is többször cserélődött. Így lett a Sanctus Petrusból Szentpéter, Komáromszentpéter, Alsópéter, majd ismét Szentpéter meg kell említeni, hogy Szentpéter névalak a magyar nyelvterületen több helységnévben is előforduld: Borcaszentpéter, Füzesszentpéter, Kemeneszentpéter, Mosonszentpéter, Nógrádszentpéter, Sajószentpéter, Tarcaszentpéter és Uzdiszentpéter. Akad még Szentpéter névalak a magyar nyelvterületen kívül előforduló helynevekben is.